Nhược điểm của sự tự thụ phấn nằm ở sự thiếu sự thay đổi, khiến cho thực vật không thể thích ứng được với môi trường thay đổi hoặc sự tấn công của mầm bệnh tiềm ẩn. Tự thụ phấn có thể dẫn tới suy thoái do nội phối gây ra bởi sự bộc lộ các đột biến lặn có hại,[1] hoặc dẫn tới việc giảm sức khỏe của loài, bị gây ra bởi việc phối các cây liên quan. Đây là lý do nhiều loài hoa có khả năng tự thụ phấn đã có những cơ chế từ bên trong nhằm ngăn chặn khả năng đó, hoặc biến nó thành lựa chọn thứ hai. Các khiếm khuyết về mặt di truyền trong các loài thực vật tự thụ phấn không thể bị xóa xổ bởi tái tổ hợp di truyền và cây con chỉ có thể tránh kế thừa các đặc tính có hại thông qua một đột biến cơ hội nảy sinh trong một giao tử.